В общем основная проблема была в IAX, перевел на SIP и основные проблемы при звонках с АТС на АТС пропали. С самыми удаленными OpenVPN клиентами еще мало удалось потестировать, их можно будет еще и с самим VPN поковырять, UDP, как посоветовали и т.д. Единственное, я тут почитал, UDP конечно для VoIP...