У Вас собрался чистый Asterisk с набором модулей по-умолчанию. Очевидно, что он не включает все, что Вам нужно. Скопировав новую сборку на место старой, Вы получили часть модулей одной версии, а часть другой. Разумеется старые не загружаются. Если Вам нужно этот набор расширить, запустите make menuselect и выберите все, что Вам нужно. Вполне возможно, что потребуется установка дополнительных библиотек.
Если конфигурация Asterisk находится в нестандартном месте, то указывать ее местоположение нужно каждый раз при запуске Asterisk. Запуск asterisk -r не является исключением. К этой команде тоже нужно добавить -C <путь к asterisk.conf>. Если в качестве shell используете bash, то лучше всего задать alias в ~/.bashrc. Например,
Код: Выделить всё
alias asterisk='asterisk -C <путь к asterisk.conf>'
Сценарии запуска Asterisk я не видел, но могу предположить, что там та же проблема - не указано местоположение конфигурации.