Судя по выхлопу CLI> logger reload у вас лог пишется в базу данных, а не в файлы.
Файлы не перечитываются, скособочены permissions или ошибки в тексте конфигов, или
нет параметров в секции [general], или
изменен путь расположения этих файлов в asterisk.conf
Предположение: при установке cdr (web детализация звонков) что-то нарушено в конфигурациях Астериск, скорее всего в permissions на файлы или ownership. Штатный логгер так -
> Found column 'id' of type 'int(11)'
> Found column 'time' of type 'char(32)'
> Found column 'callid' of type 'char(64)'
> Found column 'queuename' of type 'char(64)
не отрабатывает.