Никто не мешает писать свой диаплан во freepbx, ничем не отличаемый от работы в голом астере.маршрутизация сводится либо к from-internal, либо к from-trunk
При желании - прокидывать "мостики" в вебморду и назад, совмещая функционал.
Freepbx значительно ускоряет работу, не накладывая никаких ограничений. Я уж молчу про вылизанный до блеска диаплан, где есть очень многое, на все случаи жизни. И создан он профессионалами.